Illumina测序的运行时间包括簇生成、边合成边测序化学循环、双端化学反应和清洗步骤。此外，使用非Pattern模式的flow cell的运行在构建模板时会暂停一段时间。为了帮助规划测序工作流程和预测整体运行时间，表1根据Illumina测序平台和试剂版本总结了每个测序步骤的预估时长。
仪器
cBot上 簇生成
测序仪器上簇生成
每个循环的时间（分钟）
模板构建暂停时间**
双端测序反转时间
快速清洗/手动或者维护清洗（分钟）
iSeq 100
N/A
5小时
2.2
N/A
52 分钟
无需清洗
MiniSeq
N/A
90分钟
3.5
测序继续
60 分钟
20 / 75
MiSeq v2
N/A
60分钟
4.5
(Micro = 3 Nano = 2.5)
测序继续
31 分钟
运行后清洗20分钟，模板管路清洗30分钟，维护清洗90分钟
MiSeq v3
N/A
70分钟
6
测序继续
50 分钟
运行后清洗20分钟，模板管路清洗30分钟，维护清洗90分钟
NextSeq 500/550
N/A
2.5小时
4.6
测序继续
60 分钟
20 / 90
NextSeq 1000/2000 P1
N/A
3.75小时
2.5
N/A
40 分钟
可选择性清除试剂：1.5小时
NextSeq 1000/2000 P2
N/A
4小时
3.5
N/A
40 分钟
可选择性清除试剂：1.5小时
NextSeq 1000/2000 P3
N/A
4小时
5
N/A
45 分钟
可选择性清除试剂：3小时
HiSeq 2500
RRv2 OBCG*
N/A
1.5小时
7
1.5 - 2 小时
1 小时
15 / 60
HiSeq 2500
RRv2 w/ cBot
1 小时
(只传递模板，没有进行桥式扩增)
1.5小时
7
1.5 - 2 小时
1 小时
15 / 60
HiSeq 2500
TruSeq v3
< 5 小时
N/A
53
67 （如果同时运行两张芯片）
4 - 8 小时
4.5 小时
20（清洗限于位置1-8）或者
60 / 130
HiSeq 2500
HiSeq v4
2 小时
N/A
19
30 （如果同时运行两张芯片）
5 - 6 小时
3 小时
20（清洗限于位置1-8）或者
60 / 130
HiSeq
3000/4000
双端3小时
单端4小时
N/A
12#
16# （如果同时运行两张芯片）
N/A
2.5 小时
20（清洗限于位置1-8）或者
60 / 130
HiSeq X v2.5
3小时
N/A
12#
N/A
2.5 小时
20（清洗限于位置1-8）或者
60 / 130
NovaSeq 6000
N/A
130¤分钟
SP/S1 = 3.5
S2 = 5
S4 = 6.75
N/A
48 分钟
运行后清洗20分钟，维护清洗80分钟
NovaSeq X/X Plus
N/A
4.6小时
B10 = 2.8
N/A
50 分钟
运行后清洗110分钟，维护清洗180分钟
表1：每台仪器和该仪器支持试剂的每个测序步骤的大致时间
* OBCG = 测序仪器上进行簇生成
** 模板构建时间会根据簇密度而变化
¤ XP工作流程大约115分钟，因为ExAmp步骤被跳过了
# 在这些运行中第2-5个循环可能需要大约25分钟/每个循环
预计运行时间将取决于簇密度和可用的计算机资源。如果硬盘没有足够的空间进行数据处理，或者网络定位速度很慢，运行时间可能会延长。Illumina平台最大读数长度的总运行时间，以及其他测序运行规格，可以在 Illumina Sequencing Platforms 上找到。