建久元年（1190年），源赖朝被任命为权大纳言和右近卫大将（右大将）。因此，其政厅（居馆）被称为“幕府”。建久三年（1192年），源赖朝被任命为征夷大将军，其居馆继续被称为“幕府”，以后“幕府”作为武家政权的首长及其居馆的称呼。镰仓时代末期，有同时代史料称当时的幕府为“东关柳营”或“东关幕府”[1]。
南北朝时代，镰仓公方曾被称为“关东幕府”，用于与京都对立的关东政权，京都的公方（室町幕府）并不被称为幕府[1]。
江户时代，江户幕府在官方上被称为“公仪（日语：公儀）”，绝不会称为“幕府”。到了江户时代后期，“幕府”一词的定义脱离了将军个人和空间上的将军居馆、政厅，开始指征夷大将军统治的武家政权。江户后期的水户学派的学者们为了强调日本是以天皇为中心的国家，幕府不过是由天皇任命的临时统治机关，所以盛行使用“幕府”这一用语。1890年帝国大学的史学教科书中，将镰仓、室町、江户3个武家政权定义为“幕府”，幕府的设立绑定征夷大将军的就任，确立了现今的用法[2][3]。
也就是说，“镰仓幕府”和“室町幕府”等词语是在其以后的时代发明的。在此之前被称为“关东”、“武家”、“公方”等。每一位初代将军都没有发表过“开设幕府”的宣言，朝廷也从来没有命令建立幕府的诏书。因此，幕府的成立年份与征夷大将军的宣下并不一定一致。以往的日本教科书中，源赖朝接受征夷大将军宣下的1192年被认为是镰仓幕府创设之年。现记载的是在此7年前（1185年）得到守护、地头职的任免权[4]。但是，再往前9年（1183年）获得东国支配权的说法也比较有力。室町幕府的实质成立在足利尊氏就任权大纳言的1336年，1338年被任命为征夷大将军。江户幕府，一般认为是在1603年德川家康接受将军宣下时成立。
后来王政复古大号令中宣布“摄关幕府等废绝”，明确了幕府的终结。
名称
时代
政庁
创设者
将军家
代数
补佐职
镰仓幕府
镰仓时代
相模国镰仓
源赖朝
源家、摄家、宫家
9代
执权（北条氏得宗家）
室町幕府
室町时代
山城国京都
足利尊氏
足利氏
15代
管领（细川氏、斯波氏、畠山氏）
江戸幕府
江戸时代
武藏国江戸
德川家康
德川氏
15代
大老、老中
其他“幕府”
编辑
近年来，历史学者中，对于镰仓、室町、江户幕府以外的武家政权，提出了其他的“幕府”称呼。而东岛诚认为“堺幕府”和“鞆幕府”等仅依据将军居所的幕府名称毫无意义，他建议“〇〇幕府”应该限定在东国国家论、两个王权论、多个幕府论等探讨列岛中心多点化的议论中使用”[1]。另外，河内春人提出，5世纪被宋朝任命为安东将军的倭五王与“天皇任命征夷大将军幕府”在构造上相同[5]。
六波罗幕府
平清盛的平家政权是最初的武家政权，镰仓幕府的本质是任命大番役（日语：大番役），平氏政权大番役的创始正是“幕府”的开端。由高桥昌明（日语：高橋昌明）提出[6]。
福原幕府
平家确立武家政权时并非以六波罗为根据地，而是迁都福原以后。由本乡和人（日语：本郷和人）提出[7]。
奥州幕府
藤原秀衡构想的政权称为幕府。由入间田宣夫（日语：入間田宣夫）提出[8]。
堺幕府
与室町幕府第12代将军足利义晴并存，以堺为根据地，拥立被称为“堺公方”的足利义维的势力被称为堺幕府。由今谷明（日语：今谷明）提出[9]。
鞆幕府
室町幕府第15代将军足利义昭被从京都流放后，在备后国鞆的流亡政权被视为独立的鞆幕府。由藤田达生（日语：藤田達生）提出[10]
安土幕府
织田信长的安土城政权为幕府。由藤田达生提出[11]。